| Вечерняя (сменная) общеобразовательная школа № 1 | ул. Герцена, д. 18 | — | Вечерние |
| Детская художественная школа № 1 | Железнодорожная ул., 32 | +7 (952) 898-31-99 | Художественные |
| Детская школа искусств № 1 имени А.Г. Рубинштейна | просп. Ленина, 76 | +7 (3822) 51-54-83 | Школы искусств |
| Лицей № 1 им. А.С. Пушкина | пр. Ленина, д. 56 | — | Профильные |
| МАОУ лицей № 1 имени А.С. Пушкина г. Томска | пр. Ленина, д. 88 | — | Профильные |
| Основная общеобразовательная школа-интернат № 1 | ул. Смирнова, 50 | +7 (3822) 76-47-22 | Интернаты |
| Томская общеобразовательная школа-интернат № 1 для обучающихся с нарушениями слуха | ул. Герцена, д. 38 | — | Коррекционные |
| Школа-интернат №1 | — | — | Интернаты |
| KIBERone — 1-я Рабочая ул. | 1-я Рабочая ул., 44 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| Вечерняя школа № 2 (филиал в Томске) | ул. Елизаровых, д. 45 | — | Вечерние |
| Детская музыкальная школа № 2 | просп. Фрунзе, 32А | +7 (913) 109-44-41 | Музыкальные |
| Детская художественная школа № 2 | Красноармейская ул., 119 | +7 (3822) 56-39-75 | Художественные |
| Спортивная школа № 2 (волейбол) | Комсомольский просп., 66 | +7 (3822) 44-66-72 | Спортивные |
| Детская школа искусств № 3 | Иркутский тракт, 194/1 | +7 (3822) 64-34-48 | Школы искусств |
| СДЮСШОР № 3 (спортивная гимнастика) | ул. Карла Маркса, 50 | +7 (3822) 40-62-97 | Спортивные |
| Вечерняя (сменная) общеобразовательная школа № 4 | ул. Кирова, д. 58 | — | Вечерние |
| Детская музыкальная школа № 4 | ул. Интернационалистов, 11 | +7 (3822) 62-40-14 | Музыкальные |
| Детская школа искусств № 5 | ул. Котовского, 4 | +7 (3822) 42-53-06 | Школы искусств |
| Гимназия № 6 г. Томска | ул. Герцена, д. 28 | — | Гимназии |
| Гимназия № 6 с медицинскими классами | ул. Красноармейская, д. 122 | — | Гимназии |
| Спортивная школа № 6 имени В. И. Расторгуева | ул. Северный Городок, 61 | +7 (3822) 65-11-02 | Спортивные |
| Детско-юношеская спортивная школа № 7 Города Томска по шахматам | Ул..Красноармейская, 69 | — | Шахматные |
| Спортивная школа № 7 Города Томска по шахматам | Пр. Ленина, д.186 | — | Шахматные |
| Лицей №8 с морскими кадетскими классами | пр. Ленина, д. 186 | — | Кадетские |
| МАОУ лицей № 8 имени Н.Н. Рукавишникова г. Томска | ул. Герцена, д. 18 | — | Профильные |
| Гимназия № 13 г. Томска | ул. Новгородская, д. 42 | — | Гимназии |
| Томская школа-интернат № 15 для детей-сирот с ОВЗ | ул. Нахимова, д. 15 | — | Коррекционные |
| МАОУ СОШ № 16 г. Томска | ул. Учебная, д. 35 | — | Государственные |
| СОШ №16 с кадетскими классами ВДВ | ул. 79-й Гвардейской Дивизии, д. 23 | — | Кадетские |
| Средняя школа № 16 с химико-биологическими классами | ул. Киевская, д. 74 | — | Профильные |
| Томская общеобразовательная школа № 17 для детей с умеренной умственной отсталостью | пер. Дербышевский, д. 26 | — | Коррекционные |
| МАОУ гимназия № 18 г. Томска | ул. Кузнецова, д. 12 | — | Гимназии |
| Томская школа-интернат № 22 для детей с нарушениями опорно-двигательного аппарата | ул. Лебедева, д. 54 | — | Коррекционные |
| Школа-интернат № 22 «Развитие» | Сибирская ул., 81Г | +7 (3822) 44-25-11 | Интернаты |
| Гимназия № 24 г. Томска | ул. Лебедева, д. 102 | — | Гимназии |
| МАОУ СОШ № 25 г. Томска | ул. Нахимова, д. 15 | — | Государственные |
| Гимназия № 26 г. Томска | ул. Сибирская, д. 83а | — | Гимназии |
| СОШ №28 с юнармейскими кадетскими классами | ул. Алтайская, д. 89 | — | Кадетские |
| Вечернее отделение при гимназии № 29 | ул. Карташова, д. 68 | — | Вечерние |
| Гимназия № 29 | ул. Белинского, д. 38 | — | Гимназии |
| Гимназия №29 с кадетскими классами МЧС | ул. Учебная, д. 48 | — | Кадетские |
| МАОУ гимназия № 29 г. Томска | ул. Белинского, д. 54 | — | Гимназии |
| МАОУ СОШ № 32 г. Томска | ул. Алтайская, д. 120 | — | Государственные |
| СОШ №32 с казачьими кадетскими классами | ул. Сибирская, д. 78 | — | Кадетские |
| Средняя школа № 32 «Олимп» со спортивным уклоном | ул. Вершинина, д. 48 | — | Спортивные |
| Томская общеобразовательная школа № 33 для обучающихся с умственной отсталостью | ул. Кузнецова, д. 18 | — | Коррекционные |
| Томская общеобразовательная школа № 39 для слабовидящих и слепых детей | ул. Войкова, д. 12 | — | Коррекционные |
| МАОУ СОШ № 40 г. Томска | ул. Карташова, д. 68 | — | Государственные |
| СОШ №40 с кадетскими классами ФСБ | ул. Герцена, д. 56 | — | Кадетские |
| Средняя школа № 40 с экономическим уклоном | ул. Нахимова, д. 15 | — | Профильные |
| СОШ №45 с кадетскими классами МВД | ул. Красноармейская, д. 128 | — | Кадетские |
| Томская общеобразовательная школа № 45 для детей с тяжёлыми нарушениями речи | ул. Алтайская, д. 78 | — | Коррекционные |
| МАОУ СОШ № 54 г. Томска | ул. Иркутский тракт, д. 154 | — | Государственные |
| СОШ №54 с кадетскими классами Росгвардии | ул. Бела Куна, д. 34 | — | Кадетские |
| Гимназия № 55 г. Томска | ул. Кирова, д. 36 | — | Гимназии |
| МАОУ гимназия № 56 г. Томска | ул. Смирнова, д. 28 | — | Гимназии |
| Томская общеобразовательная школа № 59 для детей с задержкой психического развития | ул. Мокрушина, д. 25 | — | Коррекционные |
| KIBERone — ул. 79-й Гвардейской Дивизии | ул. 79-й Гвардейской Дивизии, 25 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| 100 Баллов | просп. Кирова, 23 | +7 (3822) 33-20-80 | Центры ЕГЭ |
| «Лицей ТГУ» | Пр. Ленина, 36 | — | Частные |
| «Прогимназия» | Московский тракт, д.20 | — | Гимназии |
| Академия глобального образования | ул. Учебная, д. 8 | — | Международные |
| Академия Rubius | ул. Нахимова, 13/1 | +7 (913) 821-50-87 | Программирование |
| Алгоритмика — просп. Кирова | просп. Кирова, 5, стр. 4 | +7 (913) 114-34-35 | Программирование |
| Алгоритмика — Северск, ул. Калинина | ул. Калинина, 42 | +7 (995) 965-00-50 | Программирование |
| Альтернативная школа «Свободное развитие» | ул. Красноармейская, д. 52 | — | Семейные |
| Англо-Американская школа Томска | ул. Красноармейская, д. 122 | — | Международные |
| Архитектурная школа при ТГАСУ | пл. Соляная, д. 2 | — | При вузах |
| Билингвальная школа «Oxford» | ул. Карташова, д. 22 | — | Частные |
| Британская начальная школа Томска | ул. Артёма, д. 12а | — | Международные |
| Вальдорфская семейная школа «Радуга» | ул. Карташова, д. 28 | — | Семейные |
| Вечерняя школа рабочей молодёжи при ТПУ | ул. Усова, д. 7 | — | Вечерние |
| Гуманитарный лицей при ТГПУ | ул. Киевская, д. 60 | — | При вузах |
| Детская художественная школа | ул. Куйбышева, 12 | +7 (3823) 52-30-23 | Художественные |
| Детская школа искусств | ул. Курчатова, 7 | +7 (3823) 52-35-80 | Школы искусств |
| Детско-юношеская спортивная школа бокса | ул. Мокрушина, 14 | +7 (3822) 42-88-70 | Спортивные |
| ДЮСШ «Учебно-спортивный центр водных видов спорта им. В. А. Шевелева» | просп. Ленина, 207 | +7 (3822) 40-47-94 | Спортивные |
| ДЮСШ бокса города Томска | ул. Говорова, 25, стр. 4 | +7 (3822) 90-11-49 | Спортивные |
| ДЮСШ зимних видов спорта города Томска | Иркутский тракт, 105 | +7 (3822) 28-23-88 | Спортивные |
| Европейская школа Томска | ул. Нахимова, д. 15 | — | Международные |
| Заочная общеобразовательная школа г. Томска | ул. Алтайская, д. 78 | — | Вечерние |
| Инженерный лицей Томского государственного университета | пр. Ленина, д. 36 | — | Профильные |
| Кванториум | ул. Аркадия Иванова, 2 | +7 (3822) 60-98-26 | Программирование |
| Компьютерная академия TOP | просп. Ленина, 133А | +7 (3822) 99-18-52 | Программирование |
| Коррекционный центр домашнего обучения «Солнышко» | ул. Киевская, д. 74 | — | Домашние |
| Лицей при Томском государственном университете | пр. Ленина, д. 36 | — | При вузах |
| Лицей при Томском политехническом университете | ул. Усова, д. 4а | — | При вузах |
| Медицинские классы при СибГМУ | Московский тракт, д. 2 | — | При вузах |
| Международная гимназия ТГУ | пр. Ленина, д. 36 | — | Международные |
| Международный лицей «Сибирь» | ул. Белинского, д. 38 | — | Международные |
| Монтессори-школа «Открытие» | пр. Фрунзе, д. 119а | — | Семейные |
| Образовательный центр «Университетский» при ТГУ | пр. Ленина, д. 36 | — | Домашние |
| Открытая (сменная) общеобразовательная школа г. Томска | пр. Ленина, д. 141 | — | Вечерние |
| Открытие, школа | улица Демьяна Бедного, 8 | — | Вечерние |
| Постоянная Планка | просп. Ленина, 1 | +7 (906) 954-23-35 | Центры ЕГЭ |
| Православная семейная школа «София» | ул. Крылова, д. 12 | — | Семейные |
| Православная частная школа «Наследие» | ул. Розы Люксембург, д. 17 | — | Православные |
| Предуниверситарий ТПУ | ул. Савиных, д. 7 | — | При вузах |
| ПроСтоУчим | просп. Кирова, 51А, стр. 5 | +7 (905) 990-98-24 | Центры ЕГЭ |
| Российско-Китайская школа Томска | ул. Киевская, д. 74 | — | Международные |
| Северская школа-интернат | ул. Калинина, 104 | +7 (3823) 56-90-70 | Интернаты |
| Семейная школа «Путь знаний» | ул. Нахимова, д. 15 | — | Семейные |
| Семейный класс «Росток» | ул. Учебная, д. 8 | — | Семейные |
| Сибирская католическая гимназия | ул. Бакунина, д. 4 | — | Гимназии |
| Сибирский лицей | ул. Герцена, д. 18 | — | Профильные |
| Сигма-М | просп. Ленина, 104 | +7 (961) 888-87-97 | Программирование |
| Скандинавская школа Томска | ул. Карташова, д. 22 | — | Международные |
| Спортивная школа единоборств | Промышленный пер., 9/1 | +7 (3822) 41-70-24 | Спортивные |
| Спортивная школа технических видов спорта | ул. 19-й Гвардейской Дивизии, 40 | +7 (3822) 42-32-45 | Спортивные |
| Спортивная школа хоккея и фигурного катания | ул. Пушкина, 54/1с1 | +7 (3822) 72-44-72 | Спортивные |
| Старт Джуниор | Новосибирская ул., 33Г | +7 (3822) 50-01-71 | Программирование |
| Томская гуманитарная гимназия | пр. Ленина, д. 78 | — | Гимназии |
| Томский кадетский корпус | ул. Нахимова, д. 15 | — | Кадетские |
| Томский центр дистанционного образования детей с ОВЗ | пр. Фрунзе, д. 92 | — | Коррекционные |
| Учебно-консультационный пункт вечернего обучения | ул. Нахимова, д. 15 | — | Вечерние |
| Физико-математическая школа ТГУ | пр. Ленина, д. 34 | — | При вузах |
| Физико-математический лицей при ТПУ | пр. Ленина, д. 30 | — | Профильные |
| Химико-биологический лицей ТГУ | пр. Ленина, д. 36, корп. 2 | — | При вузах |
| Центр домашнего обучения «Знание» | ул. Герцена, д. 18 | — | Домашние |
| Центр индивидуального обучения «Старт» | ул. Елизаровых, д. 51 | — | Домашние |
| Центр образования взрослых «Перспектива» | ул. Красноармейская, д. 92 | — | Вечерние |
| Центр обучения для юных спортсменов «Чемпион» | ул. Нахимова, д. 12 | — | Домашние |
| Центр психолого-медико-социального сопровождения «Радуга» | ул. Красноармейская, д. 68 | — | Коррекционные |
| Центр семейного образования «Сибирь» | пр. Фрунзе, д. 102 | — | Домашние |
| Частная гимназия «Классика» | ул. Набережная реки Томи, д. 29 | — | Частные |
| Частная кадетская школа «Сибирский характер» | ул. Елизаровых, д. 42 | — | Кадетские |
| Частная школа «ЕвроШкола» | ул. Герцена, д. 18 | — | Частные |
| Частная школа «Уникум» | ул. Кирова, д. 56 | — | Частные |
| Частная школа Монтессори «Солнышко» | ул. Красноармейская, д. 45 | — | Монтессори |
| Частный лицей «Перспектива» | пр. Фрунзе, д. 92 | — | Частные |
| Школа «Второй шанс» | ул. Учебная, д. 23 | — | Вечерние |
| Школа Квентин | ул. 79-й Гвардейской Дивизии, 23 | +7 (952) 180-31-33 | Центры ЕГЭ |
| Школа надомного обучения «Надежда» | ул. Красноармейская, д. 45 | — | Домашние |
| Школа программирования Up-step | Коммунистический просп., 96 | +7 (913) 850-88-50 | Программирование |
| Школа робототехники и программирования | ул. Лебедева, 87 | +7 (909) 544-69-00 | Программирование |
| Школа семейного типа «Галилео» | ул. Алтайская, д. 89 | — | Семейные |
| Школа цифровых технологий (ЦМИТ) — Новосибирская ул. | Новосибирская ул., 32 | 8 (800) 555-95-10 | Программирование |
| Школа цифровых технологий (ЦМИТ) — ул. Алексея Беленца | ул. Алексея Беленца, 10 | 8 (800) 555-95-10 | Программирование |
| Школа цифровых технологий (ЦМИТ) — ул. Фёдора Лыткина | ул. Фёдора Лыткина, 16/1 | 8 (800) 555-95-10 | Программирование |
| Школа-интернат для обучающихся с нарушением слуха | ул. Дзержинского, 19 | +7 (3822) 43-54-53 | Коррекционные |
| Школа-интернат для обучающихся с нарушениями зрения | Сибирская ул., 81В | — | Коррекционные |
| Школа-экстернат «Успех» | ул. Советская, д. 35 | — | Домашние |
| Экономические классы при ТГУ | пер. Батенькова, д. 1 | — | При вузах |
| Cambridge International School Томск | ул. Герцена, д. 18 | — | Международные |
| Coddy | ул. Юрия Ковалёва, 40 | +7 (3822) 34-04-24 | Программирование |
| IB World School Томск | пр. Ленина, д. 84а | — | Международные |
| iKode | просп. Ленина, 113 | +7 (923) 457-77-38 | Программирование |
| IT-куб | ул. Елизаровых, 72 | +7 (991) 508-49-29 | Программирование |
| IT-лицей при ТУСУР | ул. Красноармейская, д. 146 | — | При вузах |
| Jetcode | Красноармейская ул., 46 | +7 (903) 955-41-01 | Программирование |
| KIBERone — Береговая ул. | Береговая ул., 6 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| KIBERone — Кисловка, бул. Николая Гумилёва | бул. Николая Гумилёва, 2 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| KIBERone — Красноармейская ул. | Красноармейская ул., 120 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| KIBERone — ул. Лебедева | ул. Лебедева, 6 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| KIBERone — ул. Петра Федоровского | ул. Петра Федоровского, 4 | +7 (3822) 70-03-56 | Программирование |
| ProGame | ул. Сергея Лазо, 23 | +7 (913) 100-73-73 | Программирование |